Warum sind 2 TB System-Backups auf Externe Festplatte auf einem Windows Server 2008 nicht möglich?

Das ist eine Limitation seitens Microsoft.
 
Siehe:

Sie können die Windows Server-Sicherung nicht zum Sichern von Dateien und Ordnern auf Volumes verwenden, für die mehr als 2040 GB (oder 2 TB) benötigt werden. Sobald die Größe der Daten jedoch weniger als 2 TB beträgt, können Sie eine Datei- oder Ordnersicherung ausführen. 
Sie können beispielsweise 1,5 TB Daten von einem 3-TB-Volume sichern.

Bei einer vollständigen Server- oder Volumewiederherstellung von dieser Sicherung wird jedoch anstelle eines 3-TB-Volumes ein 2-TB-Volume erstellt.

Sie sollten keine Bare-Metal-Methode wählen, sondern nur die benötigten Anwendungen und Dateien auswählen.

Die Funktionalität wurde in Windows Server 2012 und höher  hinzugefügt: Möglichkeit zur Sicherung von Volumes, die größer als 2 Terabyte (TB) sind und 4 KB Sektorgröße haben.
Zusammengefasst: Die Sicherung mit einem neueren Server-Betriebssystem kann jetzt größere Volumes und Laufwerksektoren unterstützen.